フォレストック認定制度は、「フォレストック認定制度規定集」に従った制度全般の公正な運用及び「森づくりにおける森林吸収源・生物多様性等評価基準」に従った森林の管理・経営レベル、生物多様性の保全レベル、森林吸収源（CO2吸収量クレジット）の適正な調査手法及びそれに基づく森林の評価を根幹としています。
以下に、フォレストック認定制度における森林の調査・評価方法、フォレストック認定制度規定集について、その概要を説明します。
フォレストック認定制度では、森林の認定及びフォレストック取得後のモニタリングにおいて、専門的な調査能力を有する森林認証機関（※1）が、 「森づくりにおける森林吸収源・生物多様性等評価基準」（※2）に従って、「生物多様性の評価」及び「森林の管理・経営の評価」を採点し、 さらに森林吸収源（CO2吸収量）の算定を行います。 なお、フォレストック認定は、「生物多様性の評価」及び「森林の管理・経営の評価」が私有林の平均とみなされる50点以上の森林のみを対象になされることになっています。 以下に、「生物多様性」、「森林の管理・経営」及び「森林吸収源（CO2吸収量）」の調査・評価方法ついて、それぞれ概略を説明します。
＜旧評価基準関連資料＞
※平成23年10月改定版評価基準にて上記3資料を統合
生物多様性の調査は、一定地点数以上（地形条件・標高差などできるだけ多様な地点）の植生・土壌等の現地調査に加え、受光伐の実施状況の調査、シカ食害の調査及び野生生物のフィールドサインの調査（現地調査）、関係者への聞き取り調査等の手法により行われます。
生物多様性の評価は、上記の調査結果を踏まえ、「生物多様性・水土保全面の定性評価指標（チェックリスト）」（15項目）に、植生・土壌等数値化できる「生物多様性主要定量指標」（5項目：相対照度、植物種数、植生被度、AO層の厚さ、土壌A層の厚さ）を用いて総合的に評価します。生物多様性の評価については、今後のフォレストック協会の知見の集積ならびに環境省等が提示する指針や有識者・調査審査実務者等からの意見等に基づき更なる改善に努める予定です。
森林の管理・経営の調査は、伐採届、地拵・新植・下刈り・枝打ち・除伐等の事業量が確認できる資料、森林施業計画書、収穫予想表等の書類の分析及び施業担当者に対するヒアリング並びに対象森林の現地調査等の手法により行われます。
森林の管理・経営の評価は、上記の調査結果を踏まえ、「森林の管理・経営の定性評価指標（チェックリスト）」（12項目）に、 「林況主要定量指標」（5項目：本数密度指数、形状比、枯損木率、樹冠長率、最大・最小直径比）を用いて総合的に評価します。 これらの評価においては、対象とする森林に於いて森林吸収源が増加し、かつ、持続的経営がなされること、及び生物多様性を前提とした経営管理がなされているかどうかが重要視されます。
森林のCO2吸収量クレジットの算定については、J-VER（環境省・気候変動対策認証センターが運営）の「持続可能な森林経営促進型プロジェクト」の吸収増大量の計上方法などを参考にして、次の2方法を採用しています。対象森林が比較的小面積で伐採届が保管されている場合は、「2.」のJ-VERの方法によることとし、それ以外の場合は、「1.」の方法によることとします。
CO2吸収量クレジットの算出に際しては、認定調査時に「主伐予定量申告書」により森林所有者が申告する、認定後1年間における樹種別、齢級別、面積別の主伐予定量に従い、主伐によるCO2排出数量及び更新によるCO2吸収数量を加算減算し、認定初年度のCO2吸収量クレジットを算出することとします。
フォレストック協会は、フォレストック認定制度の理念及び趣旨、制度運営者（フォレストック協会）の役割及びその他制度運営関係者の役割、制度運営・管理・経費に関する基本的事項を定めるものとして、「フォレストック認定制度規定集」（※）を策定しています。
フォレストック認定制度の運営は、フォレストック協会が「フォレストック認定制度規定集」及び「森づくりにおける森林吸収源・生物多様性等評価基準」に従って行います。また、認定取得者、森林認証機関、審査機関、CO2吸収量クレジットの販売総代理店及び販売代理店等の制度関係者は、これらの規定に従うことが義務づけられます。
＜旧規定集＞
＜旧用語定義集＞
（※）認定取得手続の概要については、「フォレストック認定の申請から取得まで」をご参照ください。
（※）モニタリング、6ヶ月報告の概要については、「モニタリング及び6ヶ月報告」をご参照下さい。
（※）モニタリング、6ヶ月報告の概要については、「モニタリング及び6ヶ月報告」をご参照下さい。
（※）CO2吸収量クレジットの管理については、「フォレストック認定制度におけるCO2吸収量クレジットの管理」をご参照下さい。
（※）CO2吸収量クレジットの購入方法の概要については、「CO2吸収量クレジットの購入方法と利用方法について」をご参照下さい。
（※）CO2吸収量クレジットの販売代理店制度・販売ルールの概要については、「販売代理店制度」をご参照下さい。